Mutagamba qua đời vào ngày 24 tháng 6 năm 2017 tại Trung tâm Y tế Case ở Kampala do biến chứng của ung thư gan, mặc dù bà cũng bị sỏi mật, thọ 64 tuổi. Mutagamba được đưa vào bệnh viện ba tuần trước khi chết. Thủ tướng Ruhakana Rugunda gọi cái chết của bà là "một mất mát lớn cho đất nước".[9] Bà được chôn cất vào ngày 28 tháng 6 năm 2017 tại làng Gamba, Kakuuto Subcounty ở quận Rakai. Việc chôn cất được John Baptist Kaggwa, giám mục của Giáo phận Công giáo La Mã Masaka thực hiện.[12]